Kommissionen sind ständig arbeitende Gremien. 

Sie entscheiden gemäss den gültigen Richtlinien eigenständig oder erarbeiten im Zweifelsfall vorbereitende Grundlagen für Entscheide des Vorstands.

In der FAMS bestehen momentan folgenden Kommissionen:

• Kommission Kantone KoKa
• Kommission Krankenkassen KoKK
• Rekurskommission RKo